ساختار سازمانی نفیس نخ بر مبنای دیدگاه فرآیندی با 7 فرآیند اصلی جاری شکل گرفته تا استراتژی‌های سازمان را در راستای چشم‌انداز "تیم نفیس، محصول نفیس" محقق سازد.

به‌منظور تدوین، اجرا و ارزیابی راهبردها از ابزاری توسعه یافته با نام کارت امتیازی متوازن (BSC) استفاده می شود و تمامی عملكرد سازمان توسط این ابزار و به صورت ماهیانه پایش می‌گردد.
به منظور دستیابی به نیازهای حال و آینده مشتریان و تامین نیاز روزمره ایشان با حد کیفیت مطلوب از دو ابزار اندازه‌گیری رضایت مشتریان (CSM) به طور سالانه و ابزار سطح رضایت مشتریان از خدمات (SQL) بهره‌برداری می‌نماید. همچنین رای اندازه گیری رضایت کارکنان از سیتم (ESM) استفاده میشود.